Les poissons sont susceptibles de contenir certains polluants dont le méthylmercure, un dérivé du mercure présent dans l’environnement de façon naturelle ou accidentelle, ils peuvent aussi contenir des dioxines en encore des PCB (polychlorobiphényles), mais toujours en faible dose et répondant à la législation française. Néanmoins, il est préférable de privilégier la consommation de poissons à celle de viandes en alternant les espèces de poisson, pour ainsi bénéficier des effets protecteurs des acides gras oméga-3. Ces derniers sont plus particulièrement présents dans les espèces grasses de poisson (saumon, truite, maquereau, thon, anchois, sardine).
Les recherches scientifiques indiquent que les oméga-3 pourraient avoir un effet protecteur vis-à-vis de certains cancers, notamment le cancer colorectal. Il est donc recommandé de consommer du poisson, en alternance avec la viande, au minimum deux fois par semaine.